Bakugan is gebaseerd op de gelijknamige animatieserie waarin Dan en zijn vrienden hun Bakugan Brawlers gebruiken om de planeet Vestroia (de dimensie van de Brawlers) te redden en de Aarde zo voor vernietiging te behoeden. Dan vindt op een dag kaarten die uit de lucht vallen en verzint samen met zijn vriend Shun een spel genaamd Bakugan.

In de game speel je Rikku, een jongeman die ook mee wil doen aan de Bakugan Battles, maar geen enkele Bakugan heeft. Zijn vriend Dan leent hem Drago, een ongelofelijk ervaren Bakugan, waarmee Rikku de overwinning binnen sleept. Helaas voor Rikku moet hij Drago weer terug geven, maar op weg naar huis komt hij Leonidas tegen. Deze verdwaalde Bakugan besluit om voorlopig bij Rikku te blijven. Nu is Rikku klaar om aan het toernooi deel te nemen om zo zijn en Leonidas' leven voorgoed te veranderen.

In het spel beleef je een speciaal door de schrijvers van de serie geschreven plot met een nieuwe hoofdrolspeler. Je kunt je eigen Brawler creëren of één van de bekende Brawlers uit de serie gebruiken. Verzamel 40 Bakugan en honderden kaarten en vecht in de multiplayer tegen anderen in één van de vele arena's, waar je met jullie eigen huisregels het gevecht in kunt gaan.