Bakugan is gebaseerd op de gelijknamige animatieserie waarin Dan en zijn vrienden hun Bakugan Brawlers gebruiken om de planeet Vestroia (de dimensie van de Brawlers) te redden en de Aarde zo voor vernietiging te behoeden. Dan vindt op een dag kaarten die uit de lucht vallen en verzint samen met zijn vriend Shun een spel genaamd Bakugan.

In Defenders of the Core mogen spelers hun eigen held vormgeven, die de Brawlers moet leiden in hun strijd tegen de kwaadaardige Spectra en zijn onderdanen. Spelers kunnen tijdens hun zoektocht de Bakugan inzetten tegen vijanden in één-tegen-één gevechten. Tijdens deze gevechten vindt de actie in real-time plaats, wat betekent dat er zonder pauzes gevochten wordt.